時効取得のケースは一般の方が土地を購入されたよな事例ではありません。どちらかと言えば時効による土地を取得した場合と同じ 土地等がタダですので・・・参考になるかどうかは分かりませんが、基本的考え方は同じと思っています。税務署には相談していませんので、おじさんの考えている想定です。
先日発生した仮登記の抹消について、期せずして 仮登記があった土地が、登記簿上 ばあ様の単独名義になってしまった。このような場合を税金からはどう捉えるか書いて置きたい。これが時効取得した場合と同じ、費用・土地代無しケースです。
時効取得した時 取得した土地等について登記する必要があります。（登記しなくても権利は主張出来るようですが、登記しておいた方が無難です。）今回のばあ様の場合は登記事項の変更もありません。
登記には登記費用がかかります。自分でする場合は印紙代。登記を司法書士に依頼する場合は別途手数料がかかります。時効取得について裁判が必要な場合は裁判費用や弁護士費用もかかるのが普通かと思います。
そして 土地等を取得した場合には土地等の所在地の市役所等又は都税事務所等に取得日から６０日以内に「不動産取得申告（報告）書」を提出しなければなりません。今回の場合は ばあ様が知らない間に権利を取得している状態ですが、仮登記抹消時に この状態が発生したと見なせます。
後は 都税事務所等から登記から４～６か月ほどで不動産取得税の納税通知書が送られてきます。納付しなければ許してくれません。
ケース的に時効取得と似ているので、今回のケースと時効取得でのケースについて対比しながら書いていきます。おじさんが税務署に相談に行くのは、おじさんの考えに税法上の間違いがないか？あるいは特別のものがあるかの確認が主となります。登記とは別に本人の意思（登記がなくとも 持ち分について認めている）と想定できる場合も、土地を取得したと税務署が認めるのか？と言うことです。民法上の「善意」「登記」の取り扱いが問題になると思います。
税金
時効取得は土地等をタダで取得している（登記や裁判にお金を払っていますが、土地等そのものには代金を支払っていない。）ので、その土地等の時効取得の権利を主張（時効の援用）した時の時価分の利益を得たとして一時所得になります。
権利を主張した年において所得税の確定申告が必要になります。ただし、一時所得は弁護士費用（取得時効の援用の意思表示を相手方へ明らかにするために要した費用のみ。登記のための訴訟や登記費用などは費用になりません。）を引いた金額に５０万円を控除した残額の１/２が課税対象となります。
ばあ様のケースでは仮登記を抹消された日に土地を取得し、時価分の利益を受けたことにされます。従って ばあ様の場合も評価額から算出した金額から５０万円を控除した残額の１/２が課税対象となります。
不動産取得税も評価額から計算され、翌年からは固定資産税がかけられることにもなります。
今回の税務署に対する事前相談でもあり、先に書いた「ばあ様が自己単独の所有物と見做さない場合も時効取得同様に扱うべきか？」と言うことを相談します。出来れば「なあなあ」で済ませて、相手の分割希望・行動に合わせてと考えています。
相手の希望を聞いてやらないなら・・このまま税務上の手続きを進めれば、分割後の費用を考えれば有利なのですが・・単純には進める気にはなっていません。なお この辺りを強引に出来る性格であれば・・おじさん 今頃お金持ちになっています。
取り敢えずは ８月の税務署との相談開始まで動くことはないかと思っています。